3 ans sont passés depuis la fin de la saison 1.
Les GNAB se sont éparpillés à travers le monde et chacun suit maintenant sa voie.
Ryo fait maintenant équipe avec Arda, un archéologue qui a plus d'un objet farfelu dans son sac, Toma est retourné à Molsk afin de chasser les bissiers de ce pays et Siegfried qui s'est marié à Luna, la princesse de Letopia, est devenu roi.
Mais Bies ayant crée une barrière pour fermer les frontières sur ses pays le temps que son armée se reconstruise, les GNAB cherchent un moyen de la transpercer.
Ryo et Arda vont découvrir une prophétie, dans un temple ancien où est relaté toute la guerre contre les bissiers, qui annoncer la venue prochaine d'une calamité.
Peu après, Lenna qui en veut à Ryo va débarquer et tous les 2 seront téléportés par accident à Molsk où se trouve Toma et son ami Kereniz.
Mais la jeune ninja sera enlevée pour servir d'offrande à un dieu diabolique, elle sera sauvée in extremis par Ryo qui sera ensuite terrassé par ce Dieu nommé Hyde.
Hyde ira ensuite à Fireland où il écrasera Siegfried et manipulera Luna pour en faire sa compagne. Il asservira ensuite les populations du monde à l'aide d'une éclipse, Sindal tentera de s'interposer mais un mystérieux chevalier le stoppera.
Le garde du corps de la reine rejoindra Siegfried et le forgeron dans une ville au nord où ils rencontreront Rakai, banal cafetier dont la ressemblance avec le chevalier que Sindal a rencontré est bluffante.
En réalité Rakai est un ancien démon qui a été exorcisé par des mages et dont le mal a été scellé dans un pendentif qu'il porte autour du cou.
Alors que Sindal sera tué par Bamboo, une des fidèles sbires de Hyde, Ryo réveillera un Siegfried apathique et à eux deux ils lanceront la révolte.
Les GNAB affronteront Hyde et sa bande, à l'exception de Skeuljo et Cladix ses bras droits qui voudront conserver leur indépendance.
De terribles combats feront rage et finalement les GNAB ne pourront que s'enfuir avec Luna devant la force terrifiante du Dieu. A l'issue du combat Ryo retournera à Celesta et y retrouvera son cousin Matt qui acceptera de les aider dans leur lutte.
Hyde de son côté décidera alors de détruire la barrière en aspirant l'énergie de tous les hommes d'Aldéria, projet auquel s'opposeront nos héros.
Mais cette fois Cladix est de la partie, et malgré l'intervention de Rakai, Ryo sera tué.
La colère engendré par cette perte va libérer le démon enfoui en Rakai : Akaitenshi !
Celui-ci vaincra sans mal Cladix et absorbera ensuite Hyde, avec ses nouveaux pouvoirs, Siegfried et Matt seront écrasés par le démon qui tentera de les absorber mais ils seront sauvés par l'intervention inespéré de Skeuljo. Ce dernier détournera la soif de puissance vers une nouvelle cible : Bies.
Au même moment la barrière disparait, libérant ainsi une masse phénomènale de cyborgs surentrainés dans le but d'en finir avec les GNAB.
Akaitenshi devenu immortel après avoir absorbé un dieu se déchainera et mettra fin à cette offensive avant de se diriger vers le palais de Bies à Markadios, l'affrontement s'annonce terrible.